Το θέμα της αυτοδυναμίας των πανεπιστημίων αλλά και η ακαδημαϊκή και κοινωνική λογοδοσία τους ήταν τα κύρια ζητήματα που απασχόλησαν τη σύνοδο των πρυτάνεων. «Επειδή η λογοδοσία είναι κάτι που σχετίζεται με τη διαφάνεια και μπορεί να γίνει μέσα στο ισχύον θεσμικό πλαίσιο, υπάρχει η απόφαση για την άμεση προώθηση σε όλα τα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα. Για την αυτοδυναμία θεωρούμε ότι ένα κρίσιμο στοιχείο των πανεπιστημίων, που θα δημιουργήσει προοπτική μεγαλύτερης συμμετοχής σε όλες τις διεργασίες ανάπτυξης και καινοτομίας, και περιμένουμε από την πολιτεία τη θεσμοθέτησή της» ανέφερε ο Αν. Μάνθος, πρύτανης του ΑΠΘ. Μεταξύ άλλων, τα θέματα που απασχόλησαν τη σύνοδο ήταν τα ηλεκτρονικά συγγράμματα και το ηλεκτρονικό βιβλίο, η προετοιμασία των ιδρυμάτων για το πιστοποιητικό παιδαγωγικής επάρκειας μέσα από ένα ενιαίο πλαίσιο, η κατάρτιση εσωτερικού κανονισμού και κώδικα δεοντολογίας των ΑΕΙ.
Όπως ανακοίνωσε η κ. Διαμαντοπούλου, στα τέλη του καλοκαιριού θα πραγματοποιηθεί διάσκεψη με τη συμμετοχή καθηγητών από το εξωτερικό και Ελλήνων επιστημόνων, προκειμένου να υπάρξουν πάνω σε αυτές τις τέσσερις ενότητες τα βασικά κείμενα που θα πλαισιώσουν τη δημόσια διαβούλευση. Σύμφωνα με τις εκτιμήσεις του υπουργείου Παιδείας, στους έξι μήνες από την έναρξη της διαβούλευσης θα πρέπει να κατατεθεί και το νέο νομοσχέδιο για τις αλλαγές στην ανώτατη εκπαίδευση, το οποίο πέρα από τις παραπάνω ενότητες, προβλέπει και μια σειρά άλλων αλλαγών, όπως, π.χ., στον τρόπο εισόδου σε ΑΕΙ και ΤΕΙ, όπου οι φοιτητές θα μπορούν να εισάγονται σε σχολές και όχι σε τμήματα, και αφού παρακολουθήσουν κάποιο προπαρασκευαστικό έτος κατόπιν να επιλέγουν τη σχολή που επιθυμούν.